아차산 서쪽 기슭에 위치하고, 동명의 유래는 위치가 능동과 면목동 중간에 있으므로, 간뎃말 또는 한자음으로 중곡리라 하였다.

중곡동은 조선시대 경기도 양주군(楊洲郡) 고양주면(古楊州面)에 속했는데 갑오개혁(1894)때 문서를 보면 이때부터 한성부(漢城府)에 편입된 것으로 나타난다. 남서(南署) 두모방(豆毛坊)(城外) 전곶중계(箭串中契)·하계(下契) 면목리동(面牧里洞)에 속하였다.

일제 초까지 경성부(京城部) 두모면(豆毛面) 장내(場內) 중곡리(中谷里)라고 부르다가 1914년 4월 1일 경기도 고양군(高陽郡) 독도면(纛島面) 중곡리 (中谷里)로 되었다. 1936년의 경성부(京城府) 확장때에도 서울에 편입되지 못하였으나 1949년 8월 15일에 고양군 독도면이 서울특별시에 편입될 때 성동구 중곡리로 되었다. 1950년 3월 15일 중곡리는 중곡동으로 개칭되어 현재에 이른다.

중곡동의 현 행정구역은 4개로 나누어져 있는데 1955년 4월 18일 동제 실시에 따라 송정동(松亭洞), 모진동(毛陣洞), 화양동(華陽洞), 군자동(君子洞), 능동(陵洞)과 함께 장안동(長安洞)이 되었다가 다시 분리되어 중곡동이 되었다. 다시 1975년 10월 1일 서울특별시 조례 제979호에 의거 중곡 제1동과 제2동으로 분할되었다. 즉 중랑천(中浪川) 하류 이동 지역은 중곡제1동 구역이 되고 아차산성(峨嵯山城) 동쪽 지역은 제2동 구역이 되어 행정을 담당해 왔다. 그 뒤 주민의 증가로 분동(分洞)이 불가피 해져 1978년 10월 10일 중곡제1동에서 제3동이 나뉘어 3개 동사무소가 설치되고 1980년 7월 1일에 중곡제2동에서 제4동이 분동되어 현재 중곡제1동, 중곡제2동, 중곡제3동, 중곡제4동으로 되었다.

중곡동에는 사적은 거의 없으나 옛마을 이름으로 절이 있었기 때문에 「절골」, 골짜기가 길므로 「긴골」또는 「진골」, 골짜기에 있는 「논장골」또는 「군정골」이란 명칭이 남아있다.